[펌] FSL(fMRIB) some useful fslmaths commands

https://gist.github.com/anonymous/5222225

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##Running fsl from the command line 

##some commands that I find useful

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##Using the fslmaths and fslstats toolboxes

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##To get the documentation for a the toolbox type 

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fslmaths 

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##divde two images in FSL

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fslmaths 'image_1.nii.gz' -div  'image_2.nii.gz' 'output_image.nii.gz'

##you can also do things like subtract (-sub), add (-add), multiply (-mul)

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##apply a mask to an image

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fslmaths 'image_1.nii.gz' -mas 'mask.nii.gz' 'output_image.nii.gz'

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##threshold an image to create a binary mask

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##calculate the lower 15 percentile of an image, store as variable

thresh_it =`fslstats 'image_1.nii.gz' -P 15` 

##threshold your image at this threshold to create a binary mask

fslmaths 'image_1.nii.gz' -thr $threshold_it -bin ../CSF_MASK/$subjscan

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##calculate statistics on an image (mean, no indluding voxels with zeros) and store as variable

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mean_nozeros=`fslstats 'image_1.nii.gz' -M` ##mean, not including voxels with zeros

mean_zeros=`fslstats 'image_1.nii.gz' -m` ##mean, including voxels with zeros

sd_nozeros=`fslstats 'image_1.nii.gz' -S` ##standard deviation, not including voxels with zeros

sd_zeros=`fslstats 'image_1.nii.gz' -s` ##standard deviation, including voxels with zeros

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##do some calculations with these variables

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fslmaths 'image_1.nii.gz' -sub $mean_nozeros  -div $sd_nozeros 

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##create a gauss kernel of 10 mm and perform mean filtering

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fslmaths 'image_1.nii.gz' -s 10 'output_image.nii.gz'

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##erode a mask or image by zeroing non-zero voxels when zero voxels found in kernel 

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fslmaths 'mask.nii.gz' -kernel box 5x5x5 -ero  'output_image.nii.gz'